فلوریسینس مائیکرواسکوپ اور عام خوردبین میں مندرجہ ذیل فرق ہیں
1۔ روشنی کا طریقہ عام طور پر ایپی روشنی ہے، یعنی روشنی کا ماخذ معروضی عینک کے ذریعے نمونے پر پیش کیا جاتا ہے؛
2۔ روشنی کا ماخذ بالائے بنفشی روشنی، طول موج کم اور ریزولوشن عام خوردبین سے زیادہ ہے؛
3۔ دو خصوصی فلٹر ہیں۔ روشنی کے ماخذ کے سامنے ایک نظر آنے والی روشنی کو فلٹر کرنے کے لئے استعمال کیا جاتا ہے، اور آئی پیس اور معروضی لینز کے درمیان ایک انسانی آنکھوں کی حفاظت کے لئے بالائے بنفشی شعاعوں کو فلٹر کرنے کے لئے استعمال کیا جاتا ہے۔