اگرچہ ایٹم (ایٹم) کے انگریزی نام کا مقصد سب سے چھوٹا ذرہ ہے جسے مزید تقسیم نہیں کیا جا سکتا لیکن سائنس کی ترقی کے ساتھ ایٹموں کو الیکٹرون، پروٹون اور نیوٹرون (ہائیڈروجن ایٹم پروٹون اور الیکٹرون پر مشتمل ہوتے ہیں) پر مشتمل سمجھا جاتا ہے. مجموعی طور پر زیرجوہری ذرات کہا جاتا ہے. تقریبا تمام ایٹموں میں مذکورہ بالا تین زیرجوہری ذرات ہوتے ہیں لیکن پروٹیئم (ہائیڈروجن کا آئسوٹوپ) میں کوئی نیوٹرون نہیں ہوتا اور اس کا آئیون (الیکٹران کھونے کے بعد) صرف ایک پروٹون ہوتا ہے.
پروٹون کا مثبت چارج ہوتا ہے اور اس کی کمیت الیکٹران کی کمیت سے 1836 گنا زیادہ ہوتی ہے جو 1.6726×10⁻²⁷ کلوگرام ہوتی ہے. تاہم کمیت کے کچھ حصے کو ایٹمی بائنڈنگ انرجی میں تبدیل کیا جا سکتا ہے۔ نیوٹرون کا کوئی چارج نہیں ہوتا اور مفت نیوٹرون کی کمیت الیکٹرون کی کمیت سے 1839 گنا زیادہ ہوتی ہے جو 1.6929×10⁻²⁷ کلوگرام ہوتی ہے. نیوٹرون اور پروٹون کی جسامت ایک جیسی ہوتی ہے، دونوں 2.5×10⁻5⁵ میٹر کی ترتیب پر، لیکن ان کی سطحوں کی قطعی وضاحت نہیں کی جاتی۔
اگرچہ ایٹم چھوٹے ہوتے ہیں لیکن انہیں کیمیائی طریقوں سے ذیلی تقسیم نہیں کیا جا سکتا لیکن اس کے باوجود انہیں دوسرے طریقوں سے ذیلی تقسیم کیا جا سکتا ہے کیونکہ ایٹموں کی بھی ایک خاص ترکیب ہوتی ہے۔ ایٹم مرکز میں ایک مثبت چارج شدہ مرکزے پر مشتمل ہوتے ہیں اور مرکزے (ضد مادہ کے برعکس) کے باہر منفی چارج شدہ الیکٹرون ہوتے ہیں۔ مرکزہ پروٹون اور نیوٹرون پر مشتمل ہوتا ہے۔ الیکٹران مرکزے سے باہر ایک بڑی جگہ میں تیز رفتار سے حرکت کرتے ہیں۔
طبیعیات کے معیاری ماڈل نظریہ میں پروٹون اور نیوٹرون دونوں ابتدائی ذرات پر مشتمل ہوتے ہیں جنہیں کوارک کہا جاتا ہے. کوارک ایک طرح کا فرمیون اور مادہ کے دو بنیادی اجزاء میں سے ایک ہے۔ ایک اور بنیادی جزو کو لیپٹون کہا جاتا ہے اور الیکٹرون لیپٹون کی ایک قسم ہے۔ کوارک کی چھ اقسام ہیں، جن میں سے ہر ایک کا ایک کسر چارج ہے، یا تو +2/3 یا -1/3. ایک پروٹون دو اپ کوارک اور ایک ڈاؤن کوارک پر مشتمل ہوتا ہے جبکہ ایک نیوٹرون ایک اپ کوارک اور دو ڈاؤن کوارک پر مشتمل ہوتا ہے. یہ فرق اس بات کی وضاحت کرتا ہے کہ نیوٹرون اور پروٹون کا چارج اور کمیت مختلف کیوں ہے۔ کوارک مضبوط تعاملات کے ذریعہ ایک ساتھ ہوتے ہیں اور گلوون کے ذریعہ ان کی میڈیانگ کی جاتی ہے۔ گلوون معمول ی بوسون کا رکن ہے، ایک طرح کا ابتدائی ذرہ جو طاقت کی منتقل کے لیے استعمال ہوتا ہے.
زیرجوہری ذرات کوانٹائزیشن کی خصوصیات اور موج ذرہ دہریت کے حامل ہوتے ہیں۔ فارمولے کا اظہار اس طرح کیا جاتا ہے: λ=h/p=h/mv، جہاں λ طول موج ہے، p رفتار ہے، اور h پلانک کا مستقل ہے (6.626×10⁻³⁴ J· S)